Em 1958, a Irmã Querubina da Silva, diretora do Colégio Santa Bernadete, (instituição particular de ensino, que funcionava no prédio onde hoje está instalado o Colégio Estadual Presidente Costa e Silva), empenhada em fazer um trabalho social com a população de baixa renda do bairro dos alagados, realizou, em companhia de suas alunas do curso de Magistério, uma pesquisa onde puderam constatar o abandono em que viviam as crianças em idade pré-escolar e escolar sem freqüentar a escola. Iniciou-se uma campanha entre alunas e familiares, como também entre empresários lojistas e profissionais liberais cujos escritórios foram visitados, com a finalidade de construir a primeira escola do bairro de Alagados.
Com a ajuda da Associação de Moradores existente na área dos Alagados da Ribeira, representada pelo seu presidente Senhor Pequeno, buscou-se encontrar área da maré que servisse para a construção de uma escola para acolher essas crianças. Em pouco tempo, quem passasse pelo local lia em uma tabuleta fixada: “Terreno da Escola”.
Dirigindo-se várias vezes ás Secretarias de Educação do Estado e do Município, em 1960, conseguiu-se a autorização para a construção da escola com Secretário de Educação do Município, recém nomeado, professor Luiz Rogério de Souza, (também professor do Colégio Santa Bernadete, no turno vespertino.
Finalmente, em 13 de agosto de 1961, Escola Simões Filho encontrava-se em condições de funcionamento. Recebeu esse nome, sugerido pelo vereador Osório Vilas Boas, em homenagem ao grande jornalista baiano, Ernesto Simões Filho, fundador do “A Tarde”, jornal de maior circulação na cidade de Salvador.
A professora Cecy Ramos Bahia Costa foi escolhida para ser a primeira diretora, que administrou com dedicação a escola por quatro anos, sendo substituída em julho de l965. A Escola Simões Filho obteve a legalização de funcionamento através da Autorização nº 037/82 do CEE e do Decreto nº. 9928/92 do CME, na gestão do Prefeito Fernando José.
Em 1994, a professora Norma Batista da Silva (atual diretora da escola) assumiu a direção da escola, e nos últimos dez anos conseguiu junto a SMEC, reformas e melhoramentos consideráveis, ganhando a confiança e a admiração da comunidade que já a reelegeram por três mandatos consecutivos.
Em 2007, a professora Elizangela Pereira de Matos assumiu a gestão da Escola, através de eleição direta para diretor em dezembro de 2006. Em três anos de trabalho conseguiu melhorar a qualidade do ensino aumentando significativamente os índices de aprovação e reduzindo os índices de evasão escolar (IDEB). Organizou a rotina da escola, priorizou os alunos em todos os aspectos, tornando-se referência de qualidade na comunidade, sendo a Escola mais procurada pelos pais para matricular seus filhos.
Em 2008, passou por uma grande reforma e foi re-inaugurada pelo Secretário de Educação do Município, Carlos Soares Ribeiro.
A professora Elizangela foi re-eleita através do processo eleitoral, aprovada por professores, funcionários, pais e alunos que compareceram em massa para votar. Tomou posse no dia 30 de maio de 2010 renovando seu compromisso com a educação, dando continuidade ao seu trabalho sempre rumo a excelência, mas ciente de que ainda há muito por fazer e a cada dia novos desafios são lançados, pois a escola vem precisando cumprir papel de suma importância na educação do ser humano. Por muitas vezes se tornando único espaço de acolhimento, segurança e progresso para nossas crianças, jovens e adultos.
